Quelle che anticamente erano segrete del castello con l’insediamento della Regia Udienza Provinciale divennero terribili galere. Su due corsie sovrapposte, l’una diversa dall’altra nella struttura ambedue scavate da un lato nella roccia, hanno rinchiuso nel corso dei secoli migliaia di detenuti, anche donne con bambini. Carcere per detenuti comuni, crebbe nella fama per essere uno dei più duri del Regno. Eliseo Danza avvocato nella Regia Udienza, nonché storico appassionato della sua città ci ha lasciato testimonianze non solo nel periodo in cui visse, tra il XVI e XVII secolo, cercò anche di ricostruire la storia di Montefusco dei secoli precedenti. Spesso si finiva a marcire in carcere anche sulla base di solo accuse. La Regia Udienza aveva facoltà di giudicare le cause civili, penali e militari ma non quelle feudali e demaniali. VI erano praticate vari tipi di torture, alcune più frequentemente di altre, oltre alle catene, ma la pena estrema era, naturalmente, la condanna a morte. Il condannato veniva giustiziato fuori dal centro abitato, accompagnato al patibolo con uno specifico rituale e da una precisa confraternita. Molti detenuti nell’illusione di andare incontro a una pena minore si imbarcavano ‘volontari’ sulle navi a remi da guerra spagnole, il che molto spesso equivaleva a una condanna a morte. Il carcere di Montefusco continuava ad accrescere la sua triste fama fino a quando non si ebbe un importante novità all’interno delle sue mura. Esse, infatti, iniziarono ad accogliere i primi detenuti politici in seguito alla repressione dei moti rivoluzionari che portarono al fallimento della Repubblica Partenopea. Anche cittadini montefuscani caddero nelle maglie della repressione, Pirro de Luca vi morì di tifo carcerario. Nel 1806 come detto, i Francesi trasferirono il capoluogo ad Avellino, ma il carcere continuò ad esistere fino al 1845 mentre, nel frattempo, era iniziata la costruzione del carcere Borbonico di Avellino secondo criteri di punizione e detenzione pi˘ umani, per cui ultimato il nuovo penitenziario quello di Montefusco fu chiuso per essere orami il simbolo di sofferenza e morte tanto che fiorivano detti popolari come: ‘Chi trase a Montefusco e pò se nn’esce pò di ca ‘nterra nata vota nasce’. Furono i moti liberali del 1848 e la loro repressione che indussero i Borboni a riaprire le porte del Carcere di Montefusco a un gruppo di una cinquantina di detenuti, liberali, provenienti per lo più dal centro-sud Italia. Fu dichiarato carcere di massima sicurezza solo per detenuti politici, ‘Bagno penale di I classe’, con articoli in aggiunta al regolamento carcerario di per se durissimo, l’isolamento per i detenuti era completo, infatti da quando Montefusco aveva perso il Capoluogo, era diventato un borgo la cui popolazione non era particolarmente interessata alle vicende politiche dei detenuti nel carcere, anzi la loro presenza costituiva una fonte di guadagno. E così nell’inverno del 1852 Carlo Poerio, Sigismondo Castromediano, Michele Pironti, Niccola Nisco solo per citarne alcuni furono rinchiusi nel carcere di Montefusco per uscirne nel 1855 per essere trasferiti a Montesarchio. Il periodo di dura detenzione dei liberali gli valsero il soprannome di Spielberg dell’Irpinia. Con L’Unità d’Italia il carcere di Montefusco da baluardo Borbonico divenne baluardo Sabaudo.
Nei territori intorno a Montefusco ci furono violente reazioni da parte di filoborbonici che arrestati venivano prima introdotti nel carcere di Montefusco per poi essere trasferiti altrove. In quel periodo si ebbe una movimentazione di popolazione carceraria di 500 unità e nel carcere furono rinchiusi fino a 350 detenuti circa. Era il periodo in cui intorno a Montefusco era stanziata una truppa di Garibaldini che arrivò a contare più di 2000 uomini. Passata questa fase il carcere fu chiuso per periodi intermittenti fino alla chiusura definitiva nel 1923 insieme alla soppressione della locale Pretura. Nel 1928 fu dichiarato Monumento nazionale (Gazzetta Ufficiale del 17 febbraio 1928).