La Basilica Pontificia Minore ospita la Madonna Nera di Viggiano da settembre fino a maggio, ed è nota come Chiesa del Deposito poiché il simulacro venne portato qui in seguito al ritrovamento sul Monte.

Il culto della Madonna Nera viene celebrato due volte l'anno da migliaia di fedeli: la prima domenica di Maggio la Statua viene portata a spalla per 12 km - dalla Basilica Pontificia Minore fino alla vetta del Monte Sacro all'interno del Santuario -, per poi essere nuovamente scesa in paese - nella Basilica Pontificia Minore - la prima domenica di Settembre, a suon di musiche e balli popolari lucani.

All'interno della Basilica del Settecento, tra le altre cose, è possibile ammirare sull'abside centrale la nicchia contenente il simulacro della Vergine Nera, due altari marmorei barocchi sulle pareti laterali, un soffitto a cassettoni romani intarsiato - ricco di oro zecchino e stucchi -, e affreschi e tele di scuola napoletana e del pittore lucano Mariano Lanziani.

Il portone d'ingresso in bronzo e oro zecchino, realizzato in occasione del Giubileo del 2000, è opera dello scultore lucano Mario Santoro e raffigura la storia della Chiesa, dalle antiche origini basiliane all'incoronazione della Vergine da parte di Papa Giovanni Paolo II nel 1991.