La Chiesa dei Santi Tommaso e Prospero è la chiesa più antica di Certaldo Alto, costruita presumibilmente agli inizi del XIII secolo, accanto al Palazzo Pretorio. Nel 1788 la chiesa fu sconsacrata e in seguito abbandonata per essere affittata ad un mercante di ceramiche. Solo agli inizi del Novecento la chiesa tornò di proprietà pubblica, favorendo così il restauro e il consolidamento degli affreschi.

Da segnalare la presenza al centro della Chiesa del grande Tabernacolo dei Giustiziati di Benozzo Gozzoli, eseguito nel 1464 –1467 e collocato originariamente in una cappellina nel borgo basso, nei pressi del torrente Agliena.

• Tutt’oggi è ancora visibile l’originale struttura del Tabernacolo nei pressi del ponte lungo il torrente Agliena, nella parte bassa del paese.