Il Convento della Chiesa di San Francesco si trova nel borgo di Castel D'Emilio, a circa 800 metri dal castello.

Il Convento dei Frati Minori Riformati vede la sua fondazione nel 1211 ad opera di San Francesco, il quale costruì il monastero sulle rovine di una costruzione fatiscente e abbandonata. Nel 1778, grazie all'architetto Giuseppe Maria Ciaraffoni, il chiostro venne ristrutturato secondo un disegno completamente nuovo che vedeva la chiesa molto più ampia e più alta. Al suo interno vi vennero installate delle eleganti decorazioni architettoniche, opere d'arte come il quadro di Olivuccio di Ciccarello in cui è raffigurato il beato Filippo inginocchiato davanti al Crocifisso e che oggi si trova esposto al Museo Diocesano di Ancona. Oltre a questo dipinto, si trova anche il quadro raffigurante la Madonna con il Bambino e i quattro fratelli Piccolomini Todeschini sotto le sembianze dei Santi Giacomo, Francesco (che poi diventerà Papa Pio III), Andrea e Antonio; mentre il Beato Filippo è inginocchiato davanti alla Madonna. Il quadro venne realizzato nel 1508 da Nicola di Maestro Antonio e commissionato dal fratello del Papa Pio III, Giacomo Piccolomini Todeschini, per essere stato miracolosamente guarito da un male ad una gamba.

• Gli artisti Olivuccio di Ciccarello e Nicola di Maestro Antonio furono due esponenti fondamentali del Rinascimento.

• Un'antica storia narra che San Francesco, di ritorno dall'Egitto passando per Ancona, si sia fermato in quello che un tempo era l'ospizio dell'abbazia di Chiaravalle per chiedere l'elemosina, soggiornandovi poi più a lungo per assistere gli infermi. Gli ammalati che prendevano il cibo o le bevande dalle sue mani guarivano miracolosamente e lo stesso abate di Chiaravalle, colpito da un morbo improvviso, venne guarito.