Il Museo diocesano, inaugurato dal vescovo Mario Paciello nel 1996, è ospitato nell'ex chiesa di Santa Maria del Carmine e nel Palazzo Vescovile. L' idea di creare un museo è stata realizzata negli anni '70, anche se i primi lavori vennero bloccati a causa del terremoto dell'Irpinia nel 1980.

Il museo è dedicato a sant'Alfonso Maria de' Liguori, vescovo di Sant'Agata, ed è suddiviso in due sezioni espositive.

Nella prima sezione, situata all'interno della Chiesa, si trova un allestimento che conserva e risalta il patrimonio artistico proveniente dalla cattedrale di Sant'Agata; custodisce opere di arte sacra, manoscritti e testi liturgici, materiali provenienti da varie chiese della diocesi, una Madonna lignea e resti di una tomba del XIV secolo.

La seconda sezione si trova invece nel Palazzo Vescovile, l'abitazione del vescovo che è stato un vero è proprio asso portante per gli abitanti di Sant'Agata, per il proprio carattere determinato, forte e combattivo; molti lo ricorderanno per aver scritto la nota canzone di Natale "Tu scendi dalle stelle". La visita nel palazzo consente di vedere la stanza di Sant'Alfonso e suoi oggetti personali conservati accuratamente nella dimora, il salone degli stemmi che contiene gli stemmi dei 68 vescovi che si sono succeduti dal 970 ad oggi, fino ad arrivare ad un antico corridoio con un ciclo di affreschi del '600.